喀什-伊宁-喀纳斯航线每周2、4、6各一班，航班号为CZ5641，10：50由喀什腾飞，12:50抵达伊宁，13:35由伊宁腾飞，14:55抵达喀纳斯；返程时刻为15:40由喀纳斯腾飞，17:00抵达伊宁，17：45由伊宁腾飞，19：45抵达喀什。喀什-伊宁-阿勒泰航线每周1、3、5、7各一班，航班号为CZ6835，10:50由喀什腾飞，海运费，12:45抵达伊宁，13:30由伊宁腾飞，14:50抵达阿勒泰；返程时刻为15:35由阿勒泰腾飞，17:00抵达伊宁，17:45由伊宁腾飞，19:45抵达喀什。那拉提-乌鲁木齐航线每周2、3、4、6、7各一班，航班号为CZ6898，09:10由乌鲁木齐腾飞，10:15抵达那拉提；返程时刻为11:00由那拉提腾飞，12:00抵达乌鲁木齐。

　　伊宁（那拉提）机场不中断丰富环疆航班，进一步加快“疆内环起来”、“旅游兴疆”战略目标，为促进当地经济社会秩序的恢复、脱贫攻坚全面落实添砖加瓦。

　　民航资源网2020年6月20日消息：为不中断丰富航线种类、满足广大旅客的出行需求，带给老百姓更多便利选择，伊宁（那拉提）机场于6月20日起新增、恢复喀什-伊宁-喀纳斯、喀什-伊宁-阿勒泰、乌鲁木齐-那拉提三条航线。