针对台“海巡署”称此举是由于常被误以为大陆海警的说法，台湾政策研究基金会高级助理研究员揭仲16日质疑表示，大陆海警船的涂装，在舷侧是简体字的“中国海警”加上英文，与台海巡舰舷侧原本的繁体字“海巡署”及英文，有明显区别，要被台方、陆方或其他地区民用船舶误认的可能性应该非常低。

　　揭仲表示，海巡舰船执勤时若有必要与其他国家或地区执法船舰联系，在进进目视间隔前，应该就已经通过无线电或其他识别方式表明身份，更不太可能被“误认”为大陆海警船。“海巡署”实在是有“多此一举”之嫌。

　　国民党“立委”陈以信则表示，“海巡署”舰艇现有“R.O.C COAST GUARD”涂装标识，长期以来与大陆海警船的舷侧文字涂装原本就不同，针对执法上会与大陆舰船“混淆”的说法，他说，在过往这么长的时间里“闻所未闻”。而海巡舰船会与大陆海警船相遇，只有在钓鱼岛海域，他不以为日本海上保安厅舰船会将台海巡舰船错以为大陆海警船。陈以信说，“希看此举没有意识形态的考量”。

　　针对此事，有岛内网友表示，“一天到晚搞一些小动作，国际物流，真正的实事不往做!”“这样台湾的战力就提升了吗?”

　　据台湾《联合报》2月17日报道，前不久在台“国安”高层指示下，台“海岸巡防署”以避免与大陆海警船混淆为由，下令改变海巡舰艇舷侧现有文字涂装，在现有“R.O.C COAST GUARD”上方，增加醒目的“TAIWAN”涂装，现已完成新北舰、澎湖舰等数舰新制涂装。

　　《联合报》了解到，这项舰船“正名”政策，内部决策虽呈现是由基层签核向上呈报，经“海巡署长”周美伍转交海洋委员会主委李仲威核定后决行，是“由下而上”，但实际上是先有“国安”高层建议交办在先，是“由上而下”。

　　报道称，早在2005年，台“海巡署”已以“守护台湾”为主题，国际货运 空运价格，设计出蓝白红为底的“T”字舰艇舷侧标志，作为国际识别。

　　未来百余艘大小舰艇，将利用岁修(每年进行的有计划的整修和养护工作)时机，全数“正名”。国民党“立委”陈以信对此表示，“希看此举没有意识形态的考量”。台湾政策研究基金会高级助理研究员揭仲质疑，“海巡署多此一举”。

　　台海军新江军舰前舰长吕礼诗16日表示，“海巡署”此举可能与大陆福建海事局在台湾海峡部署首艘5000吨级大型海事巡航救助船“海巡06”有关。