固然前述法规体系总的来说法规制度相对健全，但与《长江保护法》的要求相比，还存在一些差距，主要表现在以下几点：
因需适时调整立法思路
 
考虑到法律所需立法时间较长，第二选择建议从部分规章层面进行布局谋划，尽快起草并出台《长江航运治理规定》。围绕绿色航道建设标准，绿色港口生态保护监管、清洁能源船舶推广应用、岸电设施应用、长江危险化学品运输监管等予以制度固化细化，并与现行法律法规做好衔接，对港口法规体系、航道法规体系、水路运输法规体系、水上交通安全法规体系中已有的制度规范不予重复，重点对缺失的制度及成熟有效的做法进行立法。
航运现行法规体系相对健全
通过梳理可知，港口法规体系以《港口法》为龙头法，以交通运输部颁发的规章《港口岸线使用审批治理办法》《港口规划治理规定》《港口建设治理规定》《港口工程竣工验收办法》《港口经营治理规定》《港口危险货物安全治理规定》和长江沿线九省二市结合自身实际制定的地方性法规和政府规章为配套形成，主要围绕港口规划与建设、港口经营、港口工程竣工验收、港口岸线审批等进行了明确规定，同时也与《环境保护法》《水污染防治法》《大气污染防治法》《节约能源法》等做了有效衔接，国际货运 空运价格，总的来说法规制度相对健全。
目前我国尚未出台《航运法》，关于航运的相关法律制度都是散见在港口、航道、水路运输及水上交通安全等法律法规规章中。
建议从顶层设计角度进行制度安排，最理想选择是借《长江保护法》出台契机，由交通运输部牵头起草《航运法》。对航运实现源头治理，将所有与航运相关的航道、港口、船舶等要素都纳进到法律层面予以调整规范，强化长江生态保护，促进长江绿色航运高质量发展。同时，对《长江保护法》中所涉及的制度予以细化落实。
船舶污染防治与危险品运输方面。现行法律制度规定与《长江保护法》对船舶所明确的生态环保要求、污染防治要求，铁路运输 上海空运，及对危险化学品的运输要求相比，在地方各级人民政府的属地监管责任强化、交通运输主管部分的行业监管责任细化、危险化学品运输从准进到退出的全过程监管等方面还有所欠缺，急需进行相关制度构建，并对长江流域危险货物运输船舶污染责任保险与财务担保相结合机制、长江流域剧毒化学品水上禁运制度和内河危险化学品禁运制度等进行细化衔接。
 
船舶法规体系中，国家层面尚无专门立法，目前关于船舶的规定主要散见于水路运输治理法规和水上交通安全治理法规，包括《国内水路运输治理条例》《内河交通安全治理条例》《国内水路运输治理规定》等行政法规和部出台的《船舶载运危险货物安全监视治理规定》《老旧运输船舶治理规定》《长江干线水上交通安全治理特别规定》《内河运输船舶标准化治理规定》等规章。实践中，长江沿线九省二市也结合自身实际，出台了地方性法规对船舶运输、船舶污染防治等进行规范治理。
航道法规体系以《航道法》为龙头法，以《航道治理条例》《航标条例》为第二层级，以《航道治理条例实施细则》《航道建设治理规定》《航道工程竣工验收治理办法》《航道养护治理规定》《通航建筑物运行治理办法》，以地方性法规和政府规章为第三层级，主要围绕航道规划、建设、养护、保护等做出了明确规定，并与《环保法》《水污染防治法》《大气污染防治法》《节约能源法》等做了有效衔接。
《长江保护法》中与航运相关的内收留主要规定在第十、第二十六、第二十七、第五十一、第五十五、第七十一、第七十二、第七十三、第七十九、第八十条、第八十三、第八十四、第九十条等。所涉及要素主要包括港口、船舶、航道；所涉及制度主要包括长江船舶、港口等突发生态环境事件应急联动工作机制，长江流域河湖岸线的保护范围规定与保护规划制定制度，长江流域水生生物重要栖息地禁航区和限航区规定制度，长江流域危险货物运输船舶污染责任保险与财务担保相结合机制，长江流域剧毒化学品水上禁运制度和内河危险化学品禁运制度等。
 
 
航道绿色发展方面。现行航道法规体系中的内收留规定与《长江保护法》对航道所明确生态保护和发展要求相比，在长江航道生态建设标准和通航生态环境保护方面还缺乏制度规范，急需围绕长江绿色航道的建设主体、建设标准、建设责任，及限航区和禁航区等进行制度设计。
 
 
明责任建制度细衔接 推动长江航运绿色发展
 
如短期内不能出台部分规章，第三选择则是进行相应制度的修订完善。分别结合《长江保护法》中对港口、航道、船舶等的要求，经评估后因需适时对《航道法》《港口法》《内河交通安全治理条例》《船舶载运危险货物安全监视治理规定》等进行相应制度的修订完善。