【颁布《深圳国家创新型城市总体规划实施方案》】2009年，深圳市积极推进《深圳国家创新型城市总体规划（2008～2015）》的实施，市政府颁布《深圳国家创新型城市总体规划实施方案》。该《方案》分阶段拟定近期重点推进的10项工作、2008～2010年主要工作以及2011～2015年主要工作，梳理出41项工作事项、122条具体任务，明确牵头单位和协办单位。年内，市政府设立国家创新型城市建设专项资金，大力支持全市自主创新能力和高技术产业化项目建设；整合全市科技研发资金并逐年加大资金规模，加强对研发和重大专项的投进；市财政出资设立创业投资引导基金，安排中小企业再担保资金，积极完善自主创新融资和信用再担保体系。

　　【基础创新能力建设】2009年，深圳市大力加强基础创新能力建设。积极争取国家创新资源配置。2月，国家发改委批准深圳市组建电子信息产品标准化国家工程实验室、电子信息产品协同互联国家工程实验室、数字音频编解码技术国家工程实验室；5月，国家科技部批准建设国家超级计算深圳中心；12月，国家发改委批准深圳市开展数字电视国家工程实验室组建工作。加强本地基础创新能力建设。年内，深圳市大力推进南方科技大学建设，努力进步高层次创新人才培养能力；组建深圳国家高技术产业创新中心，在整合创新资源、提升创新能力、进步创新效率、构建创新机制等方面进行探索与实践；根据全市高新技术产业发展需要，鉴戒和学习台湾工研院经验，积极推进组建产业创新研究院。

　　【深港创新与对外创新合作】2009年，深圳市积极推进深港创新与对外创新合作。稳步推进“深港创新圈”建设。3月，深圳市政府与香港特区政府联合发布《深港创新圈三年行动计划（2009～2011）》，提出三年内深港两地逐步建设一批深港公共创新平台、一批深港重大创新计划和专项工程、一批深港技术创新合作基地；在食品安全、药物研发、重大疾病预防、无线射频等领域及知识产权工作方面设立深港创新合作专项。扩大对外创新合作。年内，深圳市积极引进美国思科公司、中国航天科技团体、中国电子信息产业团体、阿里巴巴团体和百度公司等创新型企业，分别签署战略合作协议或达成合作意向，在相关领域深进开展创新合作；与中国电信广东公司、中国移动广东公司、中国联通广东省分公司建立长期战略合作伙伴关系，在推进城市信息化和数字深圳建设，推进宽带移动通讯、下一代互联网应用和三网融合发展等领域开展密切合作。

　　【自主创新】2009年，深圳市自主创新能力进一步增强。年内，全市用于高新技术产品研究、开发的经费达290亿元、比上年增长12%，占全市GDP的3.3%。拥有自主知识产权的高新技术产品产值超过5100亿元，约占全部高新技术产品产值的59%。国内专利申请4.23万件、增长16.6%，其中发明专利申请2.05万件、增长9.4%，两项数目指标均居全国大中城市第三位；国内专利授权2.59万件、增长37.7%，海运报价 国际快递，其中发明专利授权8132件、增长50.3%，两项数目指标均居全国大中城市第二位；PCT国际专利申请3800件，占全国申请总量的47.5%，连续6年居全国首位。

国家创新型城市建设

　　【规划培育战略性新兴产业】2009年，深圳市积极规划培育战略性新兴产业。年内，深圳市先后制定出台生物、新能源、互联网三大产业振兴发展规划和政策，成立深圳新兴高技术产业发展领导小组，加快培育战略性新兴高技术产业，构建深圳市未来的产业竞争力；在未来7年中，通过在生物、互联网、新能源等领域投进100亿元以上资金，力争将三大产业打造成为深圳市新的高技术支柱产业；颁布出台《深圳高新技术产业园区发展专项规划（2009～2015年）》，努力建设成为全球高技术产业的重要增长极、国家创新型城市建设核心区、体制机制创新先导区和新型高科技园示范区；大力推进电子商务发展，制定《深圳创建国家电子商务示范城市工作方案》；积极推进无线城市规划建设，空运报价 海运价格，着手编制深圳无线城市建设行动计划。

重大改革

　　【医药卫生体制改革】2009年，深圳市积极、稳妥推进全市医药卫生体制改革工作。6月24日，深圳市成立由市委常委、常务副市长李锋任组长的市医药卫生体制改革领导小组，领导小组办公室设在市发改委，负责日常工作。9月16日，《深圳市委市政府关于医药卫生体制改革的意见》颁布实施。年末，全市医药卫生体制改革动员大会举行，印发《深圳市医药卫生体制改革近期重点实施方案（2009～2011年）》。此次医药卫生体制改革的重点工作是进一步完善基本医疗保障体系，进步参保职员就医的便捷性和减轻市民医疗费用负担；建成比较完善的基本药物制度，促进市民和医疗机构公道用药；以全面加强社康中心建设为“抓手”，进一步完善基层医疗卫生服务体系；以促进公共卫生服务均等化为目标，进一步完善公共卫生服务体系；围绕实现公益性服务目标推动公立医院改革试点，着力促进实在现公共服务最大化。